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2014 - De nouveaux outils pour estimer la diversité globale des champignons terricoles | Nederlands

Congo L’estimation de la diversité fongique devrait idéalement se baser sur l’identification des mycéliums. Néanmoins, ces derniers ne peuvent être identifiés sur base de caractères morphologiques et, pour déterminer cette diversité, les chercheurs utilisent les fructifications, appelées sporophores.

Dans de nombreux pays, des check-lists et d’autres données de biodiversité ont été utilisées pour calculer un rapport entre le nombre d’espèces de plantes et de champignons. En fonction de la localité, ce rapport varie généralement entre 4 à 6 espèces de champignons par espèce de plantes. Ce ratio « plantes-champignons » se base sur des relevés locaux et a été utilisé pour estimer la diversité globale des champignons terricoles à environ 1,5 million d’espèces. Baser ce type d’analyses sur l’observation des sporophores serait problématique car leur apparition est souvent brève et imprévisible. En conséquence, les chercheurs ont tenté de trouver de meilleures méthodes pour estimer la diversité fongique.

Les techniques de metabarcoding de l’ADN et les bases de données de séquences constituent d’excellents outils pour mesurer la diversité. Un des mycologues du Jardin a rejoint une équipe de 35 chercheurs basée en Estonie afin de reconsidérer les précédentes estimations de la diversité fongique. Durant 2 années, l’équipe de chercheurs a collecté des échantillons de sol dans 365 écosystèmes naturels de par le monde. Le Jardin botanique Meise a focalisé son échantillonnage sur diverses forêts claires de type Miombo présentes en République démocratique du Congo.

Les résultats du projet ont montré que la richesse spécifique des plantes n’était pas le meilleur critère pour estimer la diversité fongique. Des facteurs climatiques (précipitations moyennes annuelles, saisonnalité), édaphiques (teneurs en calcium et phosphore du sol, pH), géographiques (distance à l’équateur) et la périodicité de passage du feu, sont beaucoup mieux corrélés à la richesse fongique du sol et à la composition des communautés à l’échelle globale.

Une autre découverte intéressante est que la richesse de tous les groupes fonctionnels de champignons (à savoir, les saprotrophes, les symbiontes et les parasites) n’est pas liée à la diversité des plantes, à l’exception des espèces ectomycorhiziennes, ce qui indique que les changements de propriétés du sol causées par les plantes n’influencent pas la diversité des champignons terricoles.

L’équipe de chercheurs a également mis en évidence que: le ratio ‘plantes-champignons’ n’est pas constant à l’échelle globale; la diversité des champignons terricoles augmente lorsqu’on s’éloigne des pôles; l’endémisme est plus important dans les régions tropicales et diminue de manière exponentielle lorsqu’on s’approche des pôles. Enfin, beaucoup de groupes taxonomiques sont représentés sur des continents éloignés, ce qui suggère que la distribution à longue distance des champignons est plus efficace que celle des macro-organismes.

Cette recherche a changé fondamentalement la vision générale que nous avions de la distribution de la diversité fongique. Elle prouve que la méthode du ratio « plantes-champignons » surestime d’un facteur de 1,5 à 2,5 la richesse fongique du sol.

Les résultats complets de cette étude peuvent être trouvés dans L. Tedersoo et al., Global diversity and geography of soil fungi. Science 346, 1256688 (2014). http://dx.doi.org/10.1126/science.1256688



 

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